Impact des variants génétiques constitutionnels et somatiques dans les TPI

Les TPI sont hétérogènes en termes de sévérité, d’évolution et d’étiologie. Environ 25% des enfants et la plupart des adultes développent une forme chronique (évolution > 12 mois), parfois associée à d’autres atteintes auto-immunes.14,15 Certains patients ont un diagnostic de lupus érythémateux systémique, de déficit immunitaire primitif ou de leucémie lymphoïde chronique sous-jacents responsable de la TPI. Les déterminants génétiques de la TPI sont peu connus. Des études d’associations pangénomiques à partir de puce à polymorphisme nucléotidiques ont identifié des variants de susceptibilité, mais ne permettent de détecter que les variants constitutionnels communs et ayant un effet faible.16 La détection de variants constitutionnels rares, codants et non codants, qui ont un effet plus fort, voire pouvant être responsable d’un déficit immunitaire primitif, nécessite un séquençage de génome complet.16 La recherche de ces variants rares a montré leur utilité dans la compréhension de la physiopathologie dans d’autres maladies auto-immunes comme par exemple le lupus érythémateux systémique,17 mais n’a pas été effectuée dans les TPI. De plus, des variants somatiques pourraient contribuer au développement de la TPI. En effet, la présence de variants somatiques dans le sang en l’absence de leucémie caractérisée, phénomène appelé hématopoïèse clonale (HC), a été rapportée dans plusieurs maladies auto-immunes.18 Une étude effectuée chez des patients avec TPI suggère qu’une HC myéloïde, variants associés aux hémopathies myéloïdes, pourrait être plus fréquente dans cette population.19 Il n’y a pas de données sur l’HC lymphoïde dans les TPI. Celle-ci est particulièrement pertinente dans cette pathologie car elle correspond à la présence de variants somatiques associés aux leucémies lymphoïdes chroniques.
L’hypothèse de ce projet est que les variants constitutionnels et les variants somatiques contribuent au développement de la TPI. L’objectif est d’identifier les variants constitutionnels rares et somatiques dans le génome des patients avec TPI. Un séquençage du génome complet sera effectué sur les 250 patients du McMaster ITP Registry ayant un diagnostic final de TPI et disposant d’un échantillon sanguin disponible. Il permettra d’identifier les variants constitutionnels fréquents et rares ainsi que les réarrangements structuraux somatiques. Un séquençage de grande profondeur ciblé sur un panel de gènes d’HC sera également effectué afin d’identifier avec fiabilité et sensibilité les variants nucléotidiques d’HC. Nous utiliserons comme contrôle des individus dans l’UK Biobank avec séquençage du génome complet et sans pathologie immunologique connue.
Nous annoterons les variants constitutionnels retrouvés afin d’évaluer leur conséquence probable et les comparer entre les deux populations afin d’évaluer si leur fréquence est plus élevée chez les patients avec TPI que dabs la population sans maladie immunologique au niveau de : 1) l’ensemble des portions codantes, 2) les portions codantes pour des gènes impliqués dans la réponse immunitaire et 3) les portions non codantes du génome. En combinant la localisation de ces variants aux annotations épigénétiques publiées,20 nous chercherons à identifier les cellules immunitaires affectées par ces variants. Nous rechercherons également si certains patients ont un variant dans un gène impliqué dans un déficit immunitaire primitif. La recherche des variants nucléotidiques et structuraux somatiques permettra d’identifier les individus avec HC lymphoïde ou myéloïde et d’estimer leur prévalence dans la TPI. Nous étudierons l’impact des variants constitutionnels et de l’HC sur la sévérité et l’évolution de la TPI. Pour finir, nous analyserons si l’HC et les variants constitutionnels sont des évènements mutuellement exclusifs, ce qui suggèrerait que des mécanismes génétiques différents peuvent conduire à une TPI. En plus de l’apport conséquent dans la compréhension de la pathogenèse de la TPI, ces analyses pourraient permettre d’identifier des sous-groupes de sévérité différente et l’HC pourrait donc représenter un premier biomarqueur dans cette pathologie. De plus, l’identification d’un déficit immunitaire primitif peut avoir des conséquences thérapeutiques et permettre l’utilisation de thérapies ciblées.21
Le projet est soumis au comité d’éthique de McMaster University Medical Center. Il sera entièrement financé sur mes fonds de démarrage (coût total : ~380 000 CAD). Ce projet servira de point de départ à la mise en place d’une large biobanque de patient avec CAI grâce à ma collaboration de longue date avec le CEREVANCE. Celui-ci dispose de la plus grande cohorte prospective pédiatrique de CAI au niveau mondial (>2500 patients avec données cliniques) dont j’organise présentement le prélèvement d’échantillons sanguins afin de pouvoir effectuer ces mêmes analyses en pédiatrie et à plus large échelle ainsi que d’éventuelles analyses ultérieures. Au niveau local, je mettrai en place à terme une cohorte de patients avec CAI avec un recueil d’échantillons prévu pour analyses génomiques fines, notamment par séquençage de cellules uniques qui nécessite la congélation de cellules vivantes. Ces analyses subséquentes feront l’objet de demande de fonds aux Instituts de recherche en santé du Canada (IRSC).