Globulomique de précision
Notre laboratoire utilise des approches computationnelles à partir de données issues de biobanque, de cohortes de patients ou de données générées dans le laboratoire. Nous utilisons donc également des approches expérimentales dans des modèles ciblées pour ensuite effectuer des analyses génomiques ou protéomiques. En parallèle, le laboratoire est impliqué dans de nombreux projets de recherche clinique dans le domaine de l'hématologie et en particulier dans les cytopénies auto-immunes et l'anémie falciforme (drépanocytose). Les principaux projets actifs sont décrits ci-dessous.
Projets
Génétique et génomique fonctionnelle des cytopénies auto-immunes
Les cytopénies auto-immunes sont hétérogènes en termes de sévérité, d’évolution et d’étiologie. Certains patients ont en effet un diagnostic de lupus érythémateux systémique, de déficit immunitaire primitif ou de leucémie lymphoïde chronique sous-jacents mais la majorité ont une forme dite "primaire". La part génétique des cytopénies auto-immunes est peu connue. Elle est de plus probablement complexe et variable entre les patients. Cette contribution génétique est-elle similaire entre les différentes cytopénies auto-immunes? Est-elle différente selon l'âge? Et peut-on utiliser ces informations pour mieux prendre en charge les patients?
Notre équipe combine les outils de génétique et de génomique fonctionnelle pour mieux répondre à ces questions. Nous cherchons à identifier les altérations génétiques dans les cytopénies auto-immunes, leurs conséquences et à les utiliser comme outils pronostics.
Analyse multi-omiques des cytopénies auto-immunes
Si les causes de l'hétérogénéité des cytopénies auto-immunes sont mal comprises (cf projet précédent), les perturbations biologiques présentes dans ces maladies le sont encore moins. Le développement récent de nombreux outils permet d'analyser à large échelle de nombreux mécanismes biologiques en étudiant par exemple l'ARN ou les protéines. Certaines analyses peuvent s'effectuer à l'échelle de la cellule unique, apportant une résolution sans précédent. Les analyses dites multi-omiques combinent plusieurs niveaux d'analyse afin de conférer une résolution et une précision accrues.
Le laboratoire utilise ces approches afin d'améliorer la compréhension des mécanismes des cytopénies auto-immunes, identifier des sous-groupes pronostic et trouver de nouvelles voies thérapeutiques.
Interaction réciproque entre la génétique et l'anémie falciforme
L'anémie falciforme a une présentation.clinique.très variable d'un individu à l'autre. Les causes génétiques de cette hétérogénéité sont mal comprises. De plus, nous ne savons pas quelle place donner à ces informations génétiqeus dans la pratique clinique. D'autre part, nous avons montré que l'anémie falciforme peut avoir un effet sur les déterminants génétiques de deux manières. Soit en modifiant l'effet d'un variant génétique hérité soit en modifiant la probabilité d'apparition d'un variant génétique acquis au cours de la vie (hématopoïèse clonale).
Notre laboratoire cherche à mieux comprendre cette interaction entre la génétique et l'anémie falciforme afin d'intégrer des outils génétiques dans la prise en charge des patients
Prevalence of CH according to age with 95% confidence interval. Patients with SCD and African American controls without SCD are grouped by decade. Genes carrying the CH mutation in patients with SCD are shown for each age group.
Traits sanguins en pédiatrie: génétique et conséquences
Dose-effect relationship between HbF quantiles and stroke protection in SS patients. We divided the SS patients in seven quantiles of HbF of equal size and considered the history of stroke at inclusion. For each HbF quantile, the OR was computed compared to the lowest quantile (HbF ≤2.24%) in a logistic regression model adjusted for age and sex. N: number.
Les traits sanguins correspondent au nombre et caractéristiques des cellules sanguines et des variables dérivées. De nombreux traits sanguins peuvent être mesurés à partir de la formule sanguine. D'autres sont moins étudiés car plus rarement mesurés. Ces traits sanguins peuvent être associés à de nombreux événements cliniques dans la population générale ou dans des pathologies spécifiques, comme par exemple l'anémie falciforme. La formule sanguine est un des examens les plus fréquemment effectués en médecine. Hors, l'interprétation de celle-ci est fréquemment difficile, notamment chez les nouveaux-nés. Une des raisons est que la génétique des traits sanguins et la conséquence de leur variations ont été peu étudiés dans cette population et plus généralement en pédiatrie.
Le laboratoire cherche à améliorer la compréhension des déterminants génétiques de ces traits en pédiatrie à partir d'approches de génétique épidémiologiques tels que les scores polygéniques et la randomisation mendélienne. L'utilisation de celles-ci représentent une opportunité unique d'améliorer l'interprétation des nombreuses formules sanguines faites en pédiatrie.